Le Regio S Bahn de Basel a germé dans les années 60. Il comprend une branche qui dessert la France.

1er juin 1997, le RER Balois touche désormais le sud de l'Alsace : Mulhouse est reliée quotidiennement et directement aux gares Suisses de Frick et de Laufenburg, sans changement de trains à Basel.
Les trains sont assurés par des rames automotrices CFF appelées familièrement Colibri ou NTN (Nouveaux Trains Navettes) qui ont été modifiées afin de les rendre aptes au 25kV 50 Hz de la SNCF, en plus du 15 kV 16 2/3 Hz Suisse. Aptes à 140 km/h., ces automotrices ont l’EAS (Equipement à Agent Seul).
Mais, pour des raisons de roulement, les rames suisses assurent également certains TER Mulhouse-Ville - Bâle SNCF qui auparavant était du ressort de rames SNCF.

Au service ..., ... aller-retour sont prolongés/amorcés de Mulhouse à Altkirch. Le 10 juin 2007, ce prolongement est supprimé. Depuis 2006, les incidents électriques se sont succédés sur les rames Colibri sous le 25000 V français, provoquant régulièrement des interruption de service. Divers projets de remplacement des NTN par des rames Nina puis Flirt sont dans les cartons.

Mais au changement d’horaire du 14 décembre 2008, l'offre Frick/Laufenburg–Bâle CFF–Mulhouse voit la création de nouveaux arrêts: Pratteln Salina Raurica et de Rheinfelden Augarten et la mise en place de trains FLIRT entre Bâle CFF et Frick/Laufenburg, ce qui permet de desservir les nouveaux arrêts, sans dégradation des temps de parcours. Les rames FLIRT devant circuler entre Bâle CFF et Frick/Laufenburg n'ayant pas été autorisés à circuler en France, la ligne S1 est désormais scindée en deux à Basel.

Les Rames Colibri RE 562 (NPZ)

Les rames Colibri transformées pour la circulation en France sont au nombre de 6 (RBDe 562-000 à 562-005), provenant de rames de la série 560 (ex RBDe 2100). Elles circulent de Bâle à Mulhouse et Altkirch depuis le 1er juin 1997. Elles sont équipées des différents systèmes de sécurité français, et en particulier du KVB et de la répétition des signaux par contact brosse/crocodile. Leur avertisseur a aussi été modifié pour donner deux tons. La signalisation d'arrière est constituée de deux feux rouges contre un seul pour le matériel suisse. Un dispositif de clignotement des feux blancs a été installé, de façon à pouvoir donner le signal d'alerte lumineux; Enfin, l'équipement de radio sol-train est compatible avec les installations suisses et françaises. Le peu de nombre de rame apte à ce service n'a pas permis la mis en route des rames sur d'autres lignes.