Les chemins de fer Macédoine (Makedonski Železnici (MŽ)) sont nés suite à la déclaration d’indépendance du pays en septembre 1991. Ils émanent des anciens JŽ et on hérité d’une partie du matériel.

Le réseau 

Ils exploitent un réseau de 699 km, dont 233 sont électrifiés en 25000 V 50 Hz. Le réseau est constitué d’une ligne Nord – Sud reliant Tabanovci à gevgelija, via Skopje, et Veles. Elle fait partie du corridor 10 Salzburg - Zagreb - Belgrade - Skopje - Thessalonique. Au nord de Skopje, une seconde ligne permet de rejoindre Lapovo, mais via le Kosovo et Kraljevo. Le réseau comprend des lignes secondaires, qui s'embranchent sur l'axe Tabanovci - Gegvelija, pour desservir le fond des vallées : A Skopje, avec une ligne qui longe la frontière avec le Kosovo, pour ensuite se diriger sur Kicevo, A Titov Veles où une ligne file plein est vers Koèani, et en direction du Sud Ouest vers Prilep, Bitola et la frontière Grecque.

La desserte voyageurs 

La desserte voyageurs est pauvre. En trafic international, le principal train est l'Hellas-Express qui relie quotidiennement de nuit Beograd à Skopje et Thessaloniki. Jusqu'en décembre 2007 existait un second train internationa, le train 411/410 Ljubljana – Beograd – Skopje – Thessalonique dénommé Olympus, acheminant une fois par semaine, une voiture directe en provenance de Wien. En international, les tableaux horaires comprennent également un aller-retour de jour Skopje – Beograd et Skopje – Niš acheminant en été, des voitures directes Skopje – Bar-

La desserte vers le Kosovo a reprise en février 2006 avec la création de deux allers retour de jour Skopje – Priština, classés IC. Un aller-retour a été supprimé fin 2007.

En national, le trafic est assuré par des relations régionales de Skopje vers Tabanovci, Titov Veles, Gevgelija, Les services sur les lignes de Tetovo, Kicevo et Koèani sont pour le moment suspendu.

Le trafic fret 

Coté fret, le trafic s’est effondré suite à la guerre des Balkans, mais à repris une nouvelle claque en 2002, lors de la mise en service du pipeline Thessalonique - Skopje. Aujourd’hui, le trafic est constitué essentiellement par les trains de conteneur en transit, ainsi que des trains de produits sidérurgiques.Skopje reste une importante gare ferroviaire, avec la présence d'une gare de triage, et d'un terminal à conteneur. La gare voyageurs actuelle date de 1982.